《半条命2》的故事背景发生在20世纪末及21世纪初，主人公戈登·弗里曼博士担任黑山研究设施的物理学家。在他的工作过程中，意外穿越到了人类无法想象的维度——异世界。
在异世界中，他和盟军特工艾丽克丝一同发现了一种神秘物质——抗性晶格，这使得他们决定使用这种物质欺骗联合政府的军事力量，阻止Combine的计划。
在游戏中，玩家需要扮演戈登·弗里曼和“超级英雄”盟军特工艾丽克丝，在若干关卡中与邪恶Combine作战，拯救整个世界。游戏主打的悬疑、探索、解谜、以及拯救世界的剧情内容使得这款游戏获得了极高的评价和口碑。
